赤潮发生后，除海水变成红色外，还会破坏海洋生态。一是大量赤潮生物集聚于鱼类的鳃部，使鱼类因缺氧而窒息死亡；二是赤潮生物死亡后，藻体在分解过程中大量消耗水中的溶解氧，导致鱼类及其它海洋生物因缺氧死亡，同时还会释放出大量有害气体和毒素，严重污染海洋环境，使海洋的正常生态系统遭到严重的破坏；三是鱼类吞食大量有毒藻类；四是有些藻类可分泌有毒物质使水体污染导致鱼类死亡。
同时海水的ＰＨ值也会升高，粘稠度增加，非赤潮藻类的浮游生物会死亡、衰减；赤潮藻也因爆发性增殖、过度聚集而大量死亡。
赤潮一般多发于海湾等近海地带。很少见于深海及江河的入海口。现在没有能准确预报赤潮的发生时间及地点的方法，在温度、盐度及风力适宜的情况下就会发生赤潮。到目前为止也没有一种能够阻止赤潮发生及扩张的有效的手段。科学家们正在深入了解赤潮的成因及分析引起赤潮的这些藻类，并希望以此找到控制赤潮的方法。
